Nový genetický test s účinnými testy na dědičné rakoviny

Jeden test může identifikovat množství známých zdrojů genetických variací, které jsou základem nedostatku syndromu nesouladu opravy u dědičných rakovin tlustého střeva, endometria a dalších typů, výzkumníci v Journal of Molecular Diagnostics.

Vědci vyvinuli nové integrované genetické / epigenetické DNA– procedurální protokol známý jako MultiMMR, který dokáže identifikovat přítomnost a příčinu nedostatečného párování oprav (MMR) v jediném testu z malého vzorku DNA tlustého střeva, endometria a dalších rakovin. Tato alternativa vícekrokového alternativního pracovního postupu může také identifikovat příčiny nedostatku MMR, které současné klinické studie často opomíjejí. Jejich výsledky jsou uvedeny v Journal of Molecular Diagnostics,, publikoval Elsevier.

Geny MMR monitorují a opravují chyby, které mohou nastat při normální replikaci a rekombinaci buněk. U některých dědičných a získaných rakovin je deaktivován jeden nebo více genů MMR. “Dopad MultiMMR je široký.” Nádory s nedostatkem MMR dobře reagují na nové imunoterapie rakoviny, “vysvětluje vedoucí výzkumný pracovník Dr. Trevor J. Pugh, Katedra lékařské biofyziky, University of Toronto; Centrum rakoviny princezny Margaret, University Health Network; a Ontario Cancer Research Institute, Toronto, ON, Kanada. „Zjištění, zda má jedinec dědičnou formu nedostatku MMR, může také umožnit lékařům zapojit pacienty do aktivního dohledu, zapojit se do strategií snižování rizik a poskytovat genetické testování příbuzným – což potenciálně zlepšuje výsledky pacientů.“

Trevor J. Pugh

Vědci vyvinuli nový integrovaný protokol sekvenování genetické / epigenetické DNA známý jako MultiMMR, který dokáže identifikovat přítomnost a příčinu nedostatečné korekce nesouladu (MMR) v jediném testu z malého vzorku DNA u tlustého střeva, endometria a dalších typů rakoviny. Tato vícekroková alternativa pracovního postupu může také identifikovat příčiny nedostatku MMR, které současné klinické studie často opomíjejí. Jejich výsledky jsou prezentovány v The Journal of Molecular Diagnostics, publikovaném Elsevierem. Kredity: Trevor J. Pugh

Standardní klinické studie s nedostatkem MMR mohou být nekonzistentní a vyžadují více testů a typů odborných znalostí, což vede k neoptimální péči o pacienty. Sekvenční testy nové generace si získaly oblibu a používají se v klinických laboratořích. Neidentifikují však všechny genetické variace pro nedostatek MMR a je často nutné provést další testování.

MultiMMR současně testuje methylaci promotoru, mutace, stav počtu kopií, neutrální ztrátu heterozygotnosti a nestabilitu mikrosatelitů z malého množství DNA. V této studii vědci sekvenovali DNA ze 142 vzorků (82 normálních a 60 vzorků nádorů) od 82 pacientů s rakovinou tlustého střeva, endometria a mozku spojenou s MMR. Jako pozitivní kontrola byly výsledky u 45 pacientů porovnány s předchozími klinickými studiemi s použitím konvenčních testů. Použili také MultiMMR k profilování komerčně dostupné kontroly DNA, která zahrnuje 11 variant, které je náročné detekovat sekvenováním nové generace.

Aby se zjistila přítomnost nedostatku MMR, analýzy methylace promotoru MultiMMR a nestability mikrosatelitů zjistily 95% respektive 97% shody s klinickými studiemi. Při detekci variant odpovědných za nedostatek MMR se výsledky MultiMMR shodovaly s výsledky klinických studií ve 23 z 24 případů. Test identifikoval všech 11 mutací v syntetické směsi ve více sekvencích a identifikoval nedostatek korekce nesouladu u 29 pacientů s neúplným nebo neprůkazným testováním. Panel byl schopen identifikovat příčiny MMR, které v současné klinické kaskádě často chybí.

„Ukázali jsme, že přítomnost a příčinu MMR lze určit jediným testem, z jediného alikvotního podílu DNA, s nejlepším využitím dostupné tkáně, zjednodušením pracovních postupů a zlepšením integrovaného hlášení Lynch a souvisejících dědičných nádorů,“ komentují vedoucí autor Leslie Oldfield, M.Sc., Katedra lékařské biofyziky, University of Toronto; a Cancer Center princezny Margarety, University Health Network, Toronto, ON, Kanada.

Vědci poznamenávají, že současné protokoly kaskádového testování nemusí být schopny uspokojit zvýšenou poptávku po univerzálním testování nádorů u pacientů s rakovinou tlustého střeva a endometria. Mnoho sekvenčních testů další generace například nepozoruje nestabilitu mikrosatelitu a methylaci promotoru spolu se somatickými mutacemi.

„Způsobilost pro imunoterapii často závisí na stavu MMR, proto je důležité včasné a důkladné testování,“ dodává paní Oldfieldová. „MultiMMR zjednodušuje postup a odlišuje typ nedostatku MMR zlepšením doby zpracování, dokáže se dobře přizpůsobit rostoucím požadavkům a může poskytnout lékařům důležité informace, aby informoval správu pacientů a rozhodnutí o léčbě.“

Odkaz: „Panel Integrativní sekvenování a methylace DNA k hodnocení defektů při nápravě neshod,“ Leslie E. Oldfield, Tiantian Li, Alicia Tone, Melyssa Aronson, Melissa Edwards, Spring Holter, Rene Quevedo, Emily Van de Laar, Jordan Lerner-Ellis, Aaron Pollett, Blaise Clarke, Uri Tabori, Steven Gallinger, Sarah E. Ferguson a Trevor J. Pugh, 28. listopadu 2021, Journal of Molecular Diagnostics.
DOI: 10.1016 / j.jmoldx.2020.11.006

Tato studie byla podpořena kanadským předsedou Research Chair, Ontario Cancer Research Institute, Senior Researcher Award IA-063, Princess Margaret Gattuso-Slaight Cancer Foundation, Canadian Cancer Research Institute 704038, BioCanRx a Canadian Foundation for Opportunity Vedoucí inovačních fondů 32383.

Related articles

Comments

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here

Share article

Latest articles

Aby se objev urychlil, vychází z mřížky vysoce dimenzionální infračervený mikroskop

Příklad vzoru dlaždice použitého ke skenování kulatého červa C. elegans. Non-grid pattern dává algoritmu vzorkování větší flexibilitu pro rychlé resetování oblastí zájmu. ...

Starověcí zirkonové říkají, že desková tektonika začala před 3,6 miliardami let – významná událost pro přivítání Země k životu

Zirkony studované výzkumným týmem byly vyfotografovány pomocí katholluminiscence, techniky, která umožňuje týmu vizualizovat vnitřek krystalů pomocí speciálního rastrovacího elektronového mikroskopu. Tmavé kruhy na...

Můžeme opioidy zvýšit návykovostí? [Video]

V roce 2017 byly miliony lidí po celém světě závislí na opioidech a 115 000 zemřelo na předávkování. Opioidy jsou nejsilnější léky proti bolesti, které...

V místě vazby protilátek ve variantách viru COVID-19 – hlavní důsledky pro budoucí vakcíny

Výzkumný tým Penn State zjistil, že N protein na SARS-CoV-2 je uložen ve všech pandemických koronavirech souvisejících se SARS (nahoře vlevo: SARS-CoV-2, civet, SARS-CoV,...

NASA investuje 105 milionů amerických dolarů do vývoje inovativních technologií pro malé podniky ve Spojených státech

NASA Má dlouhou historii podpory amerických podnikatelů při vývoji technologií od nápadu po obchodní připravenost. Agenturní program Small Business Innovation Research (SBIR) dále podporoval...

Newsletter

Subscribe to stay updated.